2002年，中国开始推动农产品质量安全追溯体系建设。2002年12月，农业部专门成立农产品质量安全中心。农业部、商务部、原国家食品药品监管局、国家质检总局、国家出入境检验检疫总局等单位和各地方政府都进行了相关工作，在制度构建和完善、试点追溯体系建设实践等方面取得了一些进展。

  农业部2006年6月发布《畜禽标识和养殖档案管理办法》，为“国家实施畜禽标识及养殖档案信息化管理，实现畜禽及畜禽产品可追溯”提供技术支撑。为配套《农产品质量安全法》， 2006年11月发布《农产品包装与标识管理办法》、《农产品产地安全管理办法》。2012年发布《关于逐步加强农产品质量安全监管工作的意见》（农质发[2012]3号），提出“加快制定农产品质量安全可追溯相关规范，统一农产品产地质量安全合格证明和追溯模式，探索开展农产品质量安全产地追溯管理试点”。2011年，商务部《关于“十二五”期间加快肉类蔬菜流通追溯体系建设的指导意见》（商秩发[2011]376号），要求“加快建设完善的肉类蔬菜流通追溯体系”。

  各地根据工作实践也出台了一些地方性法规，如上海市2001年发布《上海市食用农产品安全监管暂行办法》（2004年修订），要求“生产基地在生产活动中，应当建立质量记录规程，保证产品的可追溯性”；甘肃省2014年1月发布《甘肃省农产品质量安全追溯管理办法（试行）》等。

  2007年9月，农业部发布《农产品产地编码规则》和《农业产品溯源编码导则》，2009年4月发布《农产品质量安全追溯操作规程通则》以及水果、茶叶、畜肉、谷物4大类产品操作规程，2011年9月补充发布蔬菜等产品的操作规程。目前，《农产品追溯信息系统模块设计指南》《食用农产品质量安全合格证明管理办法》《农产品质量安全追溯管理规范》等标准正在制定中。

  2002年7月，国家质检总局发布《EAN-UCC系统128条码》（GB/T 15425-2002），2014年9月修订发布《商品条码 128条码》（GB/T 15425-2014），并于2015年2月实施。2004年6月发布《出境水产品追溯规程(试行)》、《出境养殖水产品检验检疫和监督管理要求(试行)》，应对欧盟从2005年开始实施的水产品贸易可追溯制度。2005年12月发布《良好农业规范（第1部分）：术语》，至2014年6月，发布《良好农业规范（第27部分）：蜜蜂控制点与符合性规范》，共27部分，并将继续为农产品生产阶段提供技术标准。2009年9月，发布《饲料和食品链的可追溯性体系设计与实施的通用原则和基础要求》。

  中国物品编码中心采用全球通用的物品编码、商品条码和射频等识别技术实现食品安全跟踪与追溯，2004年6月，发布《牛肉产品跟踪与追溯指南》《水果、蔬菜跟踪与追溯指南》等。

  2003年，国家质检总局启动“中国条码推进工程”，推动采用EAN-UCC系统。2003年8月，科技部启动国家863计划“数字农业技术探讨研究与示范”重大专项，围绕数字农业重大技术、重大系统、重大产品做研究开发，为农产品质量安全可追溯体系建设实践提供重要的科技支撑。自2004年开始，国家质监总局、农业部、食品药品监管总局、商务部等开展不同农产品领域的质量安全可追溯体系建设试点，部分基础条件良好的地方政府和实力丰沛雄厚的企业也依托试点或依靠自身实力开展农产品质量安全可追溯体系建设，取得了较为丰富的实践成果。

  国家质检总局下属单位中国物品编码中心，从实施“中国条码推进工程”以来，在全国建立了100多个产品质量安全追溯应用示范基地，覆盖肉禽类、蔬菜水果、加工食品、水产品、医疗产品及地方特色食品等多个领域，如在陕西建立“牛肉质量与跟踪系统”，在北京建立金维福仁食品有限公司“牛肉产品跟踪与追溯自动识别技术应用示范系统”，在上海建立“上海超市农产品查询系统”，在山东寿光建立“蔬菜质量安全可溯源系统”，在广西建立“米粉质量安全跟踪、追溯与监督管理体系”等。

  农业部自2004年实施“城市农产品质量安全监管系统试点工作”，开展了农产品质量安全追溯体系试点建设，试点探索建立种植业、农垦、动物标识及疫病、水产品四个专业追溯体系。2006年开始，农业部在四川、重庆、北京和上海四省市进行试点标识溯源工作。2006年以来，农业部优质农产品开发服务中心在全国八个省市开展种植业产品质量可追溯制度建设试点，建立“农业部种植业产品质量追溯系统”。2008年以来，农业部农垦经济发展中心建立“农垦农产品质量追溯展示平台”，在米面、水果、茶叶、畜肉、禽肉、蛋类、水产品等七类农产品建立农垦系统质量安全可追溯系统。2010年，农业部下属单位中国动物疫病预防控制中心建立“动物标识及疫病可追溯体系”；2010年，农业部下属科研单位中国水产科学院和全国水产品质量安全追溯体系建设项目组通过在广东省和天津市的41家水产品公司进行的养殖、加工、批发、零售一体化追溯试点，构建水产品质量安全可追溯体系，建立“水产品质量安全追溯网”。

  2004年4月，原国家食品药品监督管理局等八个部门确定肉类行业作为食品安全信用体系建设试点行业，开始启动肉类食品追溯制度和系统建设项目。

  2010年以来，商务部、财政部开展肉类蔬菜流通追溯体系建设，建成以中央、省、市三级平台为主体、全国互连互通、协调运作的追溯管理网络，形成生产与流通有效衔接的肉类蔬菜流通追溯体系。至2014年底，共分五批在58个城市开展肉菜流通追溯体系建设试点，有2000多家流通企业纳入了追溯体系。下一步将从肉菜追溯体系建设逐步扩大到中药材、酒类、奶制品、水果以及水产品等品种。

  2004年，北京市农业局和河北省农业厅一同承担了农业部的“进京蔬菜产品质量追溯制度试点项目”，由河北六县市蔬菜试点基地使用统一的包装和产品标签信息码，向北京市新发地和大洋路两个批发商业市场供货。2005年，北京市开展了自产蔬菜产品质量追溯试点。2008年，北京市建立并启用奥运食品安全监控和追溯系统，实施奥运食品安全追溯制度，实现奥运食品从生产基地到最终消费地的全程监控，是追溯系统应用的成功范例。2013年，北京市以平谷大桃为试点，建成首个国家级出口农产品可追溯体系。目前，“北京市农业局食用农产品质量安全追溯系统”和“北京市肉类蔬菜流通追溯平台”等运行良好，对农产食品安全质量安全的管理横跨生产、包装、加工及零售等所有的环节，并覆盖蔬菜、水果、畜禽和水产等多个领域。

  天津、上海等地也在农产品质量安全可追溯体系建设方面做了大量的工作，如“上海超市农产品查询系统”“天津无公害蔬菜安全追溯系统”“山东食品安全质量安全溯源系统”“江苏南京农产品质量安全IC卡监管系统”“海南热带农产品质量安全追溯系统”“江西脐橙质量追溯查询系统”“陕西牛肉质量与跟踪系统”“四川茶叶制品跟踪与追溯系统”“云南普洱茶信息跟踪与追溯管理系统”“福建远山河田鸡供应链跟踪与追溯体系”“新疆吐鲁番哈密瓜追溯信息系统”等。

  目前，国家层面比较有代表性的农产品质量安全可追溯体系有国家食品(产品)安全追溯平台、食品安全监管、追溯与召回公共服务平台、中国产品质量电子监管网、农垦农产品质量追溯展示平台、农业部种植业产品质量追溯网、水产品质量安全追溯网等；地方政府建立的典型的农产品质量安全可追溯体系有广东省水产品质量安全追溯平台、北京市农业局食用农产品质量安全追溯系统、北京市肉类蔬菜流通追溯平台、上海市食用农产品流通安全信息网等。